Un mes de marzo de 1941, con la Universidad de Costa Rica nacía a su seno la Facultad de Ciencias con dos secciones: Ciencias Biológicas y Ciencias Físico-Químicas. Quedo en firme a las 4 de la tarde del 30 de octubre de 1944, el primer plan de estudios de la Sección de Físico-Química. Su implementación fue efectiva a partir de 1945. Se daban así los primeros pasos de una larga lista, que culminarían en el nacimiento de la Escuela de Química.

De 1947 a 1956 la Sección de Química y la de Bacteriología (antecesora de la Sección de Microbiología) tomarían parte de la Facultad de Ciencias. Es importante mencionar, la creación del Colegio de Químico el 15 de marzo de 1949. Luego de discrepancias al interior de la Universidad, el 1 de agosto de 1956, con la reforma universitaria, se estableció el Departamento de Química de la Facultad de Ciencias y Letras. Lo anterior, fue de gran importancia para establecer a la química en el país, como profesión separada de los Farmacéuticos y Microbiólogos.

El 26 de abril de 1958 se inauguró la primera etapa del edificio de la Escuela de Química. En 1960 el Departamento se dividió en las secciones de Química General e Inorgánica, Analítica, Orgánica, Físico-Química, Bioquímica, Industrial y Proveeduría. Ya en 1962, la mayoría de los cursos habían migrado de su calidad anual a semestral.

La década de los sesenta fue muy importante para el nacimiento de la Escuela de Química, ya que los profesores universitarios en el área se especializaban en el extranjero. Además, es un periodo marcado por la defensa de la carrera química como una profesión propia, separada de otras carreras como Microbiología o Farmacia, así como la compra de equipo de laboratorio. En 1962, la Universidad de Costa Rica definió los grados de Bachiller, Licencia y Doctor Universitario. Al siguiente año, el 1 de noviembre de 1963, se instauraba la carrera de Ingeniería Química como parte del mismo departamento. En 1964 en la sesión No. 76 del Consejo Universitario, se autorizaba al Departamento de Química la entrega del grado de Bachiller en Química. Del 2 al 9 de febrero de 1969, se celebraría en el país el X Congreso Latinoamericano de Química (CLAQ). Ese año, Ingeniería Química se trasladó a la Facultad de Ingeniería por el Consejo Universitario.